La Prefectura General Naval tiene su origen en una resolución aprobada el 07 de abril de 1914, por el entonces Ministro de Guerra y Marina, Don Eligio Ayala. La misma tiene la misión de ejercer la defensa, vigilancia y protección de las fronteras fluviales, del patrimonio e intereses nacionales en el ámbito hídrico, cumplir y hacer cumplir los convenios internacionales, leyes, decretos y resoluciones referentes a la navegación fluvial, efectuar el servicio de policía fluvial, de los puertos, ríos, riachos, canales, lagos, lagunas, islas, playas y áreas adyacentes, además de cooperar con el desarrollo nacional ejerciendo el control del tráfico fluvial, la seguridad y eficiencia operativa del transporte por agua, de las industrias y actividades vinculadas, la seguridad de la vida humana, la protección del ambiente fluvial y de los recursos ícticos, y la asistencia a comunidades costeras.